Doktorand inom probabilistisk modellering av fel i proteomik

Projektbeskrivning

Forskarutbildningsämne: Bioteknik

Detta projekt syftar till att utveckla robusta metoder för att bedöma identifierings- och kvantifieringsfel i shotgun-proteomik. Vi kommer att konstruera probabilistiska modeller för att karaktärisera fel i identifiering av peptider och proteiner från masspektrometridata. Vidare kommer vi att utöka dessa modeller för att kvantifiera hur identifieringsfel propagerar till kvantifiering på proteinnivå. Genom att utvärdera befintliga metoder och föreslå nya angreppssätt avser projektet att förbättra tillförlitligheten i analysen av proteomikdata och därigenom stärka efterföljande biologisk tolkning.

Projektet kommer att använda förbättrade probabilistiska regressionsmodeller för att uppskatta felfrekvenser för identifiering och kvantifiering i proteomikdata. Dessa felfrekvenser kommer att modelleras med hierarkiska Bayesianska nätverk för att fånga beroenden mellan peptider och proteiner. Vi kommer att implementera och testa modellerna på referensdatamängder och jämföra deras prestanda med befintliga metoder. Vidare kommer vi att utveckla skalbara beräkningsverktyg för att integrera modellerna i nuvarande proteomikarbetsflöden och därmed säkerställa praktisk tillämpbarhet

Handledning: Lukas Käll föreslås handleda doktoranden. Beslut tas vid antagning

Behörighet för antagning

För att bli antagen till forskarutbildning (kap 7 39 § högskoleförordningen) krävs att den sökande har grundläggande behörighet:

• Mobilitetsregler – Kandidater får inte ha varit bosatta eller haft sin huvudsakliga verksamhet (arbete, studier etc.) i Sverige i mer än 12 månader under de 3 år som omedelbart föregår rekryteringsdatumet.
• avlagt en examen på avancerad nivå, eller
• fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller
• på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Utöver ovanstående  finns också ett obligatoriskt krav på engelska motsvarande Engelska B/6.

Urval

För att lyckas med dina doktorandstudier på KTH behöver du vara målinriktad och ihärdig i ditt arbete. Vid urval av de sökande bedöms förmågan att:

• självständigt driva sitt arbete framåt,
• kunna samarbeta med andra,
• ha ett professionellt förhållningssätt och
• analysera och arbeta med komplexa frågor.

Efter behörighetskraven kommer stor vikt läggas vid personliga egenskaper.

Målexamen: Doktorsexamen

Information om antagning och anställning 

Endast den som antagits till forskarutbildning får anställas som doktorand. Den sammanlagda anställningstiden får inte vara längre än vad som motsvarar utbildning på forskarnivå på heltid under fyra år. En anställd doktorand kan i begränsad omfattning (högst 20 %) utföra vissa arbetsuppgifter inom t.ex. utbildning och administration. En ny anställning som doktorand gäller för högst ett år, anställningen får därefter förnyas med högst två år i taget. 

Som doktorand får du del av KTH:s anställningsförmåner och har en månadslön enligt KTH:s avtal för doktorandlöner. Läs mer om Forskarstudier vid KTH | KTH | Sweden

Ersättningar – Utöver den grundlön som nämns i länken ovan ingår en mobilitetsersättning och eventuellt en familjeersättning i alla tjänster inom Marie Curie-programmet. För mer information, läs här. Grundlön och tilläggsersättningar anges före skatt. 

Fackliga representanter

Kontaktuppgifter till fackliga representanter.

Doktorandsektionen (Tekniska högskolans studentkår)

Kontaktuppgifter till doktorandsektionen.

Ansökan 

Du ansöker via KTH:s rekryteringssystem. Du som sökande har huvudansvaret för att din ansökan är komplett när den skickas in.

Ansökan ska ha följande innehåll

• Kopior av examensbevis och betyg från tidigare universitetsstudier och intyg på uppfyllda språkkrav (se ovan). Översättningar till engelska eller svenska om originaldokumentet inte är utfärdade på ett av dessa språk. Kopior av original ska vidimeras.
• CV med relevanta professionella erfarenheter och kunskaper.
• Ansökningsbrev med en kortfattad redogörelse om varför du vill bedriva forskarstudier, om dina akademiska intressen och hur de relaterar till dina tidigare studier och framtida mål (Max 2 sidor).
• Representativa publikationer eller tekniska rapporter. För längre dokument, bifoga gärna en sammanfattning (abstract) och en webblänk till den fullständiga texten.

Ansökan ska vara KTH tillhanda senast sista ansökningsdagen vid midnatt, CET/CEST (Central European Time/Central European Summer Time). 

Övrigt

För information om behandling av personuppgifter i samband med rekrytering.

Det kan förekomma att en anställning hos KTH är placerad i säkerhetsklass. Om så är fallet för just denna anställning görs en säkerhetsprövning av sökande i enlighet med säkerhetsskyddslagen (2018:585) efter samtycke. I dessa fall är en förutsättning för anställning att sökande blir godkänd efter säkerhetsprövning.

Vi undanber oss direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av platsannonser.

Bli en del av KTH  

KTH formar framtiden genom utbildning, forskning och innovation. Som ett ledande internationellt tekniskt universitet spelar vi en aktiv roll i att driva och medverka i omställningen till ett hållbart samhälle. Här erbjuds du möjligheten att växa och utvecklas på en kreativ och dynamisk arbetsplats med goda arbetsvillkor och förmåner. Jämställdhet, mångfald och lika villkor är en kvalitetsfråga och en självklar del av KTH:s värdegrund som universitet och statlig myndighet.

Läs mer om våra förmåner och hur det är att arbeta och utvecklas på KTH.

1. Lukas Käll, [email protected]