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Université de Bordeaux

Intitulé du profil recherche : Intelligence artificielle pour les neurosciences

2022-02-24
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Champ(s) disciplinaire(s) : Intelligence artificielle, Traitement et analyse d’images et du

signal, Neuroscience, Neurobiologie cellulaire

Section(s) CNUciblée(s) : 27-65-69 PROFIL RECHERCHE

PROFIL RECHERCHE

Intitulé du profil recherche : Intelligence artificielle pour les neurosciences

Département de recherche2 : Bordeaux Neurocampus

Profil Recherche :

Laboratoire(s) : Une des équipes labélisées du Département Bordeaux Neurocampus

Directeur(s) du (ou des) laboratoire(s) - coordonnées :

Nathalie Sans / nathalie.sans@u-bordeaux.fr

Description du projet de recherche :

La personne recrutée développera des méthodes computationnelles assistées par intelligence artificielle (AI) pour l'analyse de données multimodales et multi-échelles en sciences de la vie,et plus particulièrement en neurosciences. Avec la quantité et la diversité croissantes des données numériques acquises dans la biologie cellulaire et les neurosciences modernes (données multidimensionnelles de microscopie de super-résolution, images volumétriques acquises à haute résolution spatiale et temporelle, criblage à débit, enregistrements électrophysiologiques, circuits, comportement, etc...), il y a un besoin urgent de developer des outils analytiques efficaces capables de les traiter indépendamment ou groupées. L'intelligence artificielle, et en particulier l'apprentissage profond, est certainement la solution la plus appropriée pour aider à remplir ce rôle efficacement.

Le projet de recherche consistera à :

  • Développer des méthodes supervisées et non supervisées pour le traitement et l'analyse de données biologiques de divers échantillons biologiques à différentes échelles, acquises avec différentes modalités. Les échantillons biologiques comprennent des synapses, des neurones, des organoïdes, des tranches de cerveau, le cerveau entier ou des souris, pour lesquels les modalités d'enregistrement vont de la microscopie électronique, la microscopie à haute et super-résolution, jusqu'à l'imagerie comportementale.
  • Rédiger des demandes de subventions
  • Encadrer des post-docs et des étudiants en thèse.

La.Le candidat.e sera affecté.e à une équipe du Bordeaux Neurocampus pour y développer un projet dans le domaine de l'intelligence artificielle pour la biologie. Son projet s'inscrira dansle cadre du GPR BRAIN_2030 Neurotoolbox, visant à fournir aux équipes de Bordeaux Neurocampus des technologies de pointe pour aider à élucider la structure et le fonctionnement du cerveau à tous les niveaux d'organisation, depuis les molécules jusqu’aux réseaux de neurones.

Compétences attendues :

  • La.Le candidat.e doit être titulaire d'un doctorat en intelligence artificielle, en informatique ou dans un domaine connexe.
  • Des connaissances et des compétences dans un ou plusieurs environnements d'apprentissage profond, ou « deep learning » (Tensorflow, Keras, Torch, Caffe, etc.) sont requises.
  • Solides connaissances théoriques et pratiques en mathématiques appliquées, traitement d'images et apprentissage machine (machine learning).
  • Expérience en sciences de la vie et en microscopie souhaitée.
  • La.Le candidat.e devra en outre posséder une expérience dans la coordination d'une équipe de recherche et démontrer ses capacités à travailler en interactions avec le très riche environnement interdisciplinaire local, national et international.

Impact scientifique attendu :

L’arrivée d’un.e enseignant.e chercheur.e en intelligence artificielle pour les neurosciences permettra au Bordeaux Neurocampus de renforcer ce domaine en pleine expansion. Ce profil, à l’interface entre plusieurs domaines et échelles des neurosciences, de la microscopie aux réseaux de neurones en passant par l’électrophysiologie et le Comportement, jouera un role de catalyseur et renforcera les collaboration inter unités. Il.Elle permettra égalementd’accentuer la recherche interdisciplinaire avec l’INS2I, au niveau local, national et international.

PROFIL FORMATION

PROFIL FORMATION

Intitulé du profil formation : Data processing, analysis and artificial intelligence for Neuroscience

Composante d’affectationCollège Sciences et Technologies

Profil pédagogique :

Affectation pédagogique (unité de formation – UF) : UF Biologie

Directeur de l’UF - coordonnées : Frédéric Gévaudant – frederic.gevaudant@ubordeaux.fr   

Filières de formation concernées :

Master EUR Light et filière Neurophotonics et EUR NEURO

Objectifs pédagogiques et besoin d'encadrement :

La personne recrutée rejoindra l'équipe enseignante de l'EUR-Light pour participer aux cours de Master. Il.Elle doit avoir de solides connaissances en programmation, en traitement dusignal numérique et en intelligence artificielle (IA). Il.Elle doit être capable d'enseigner en anglais et de parler couramment le français. Il.Elle sera amené.e à proposer un enseignement liant les approches informatiques modernes aux applications en neurosciences (nanoscopieet microscopie, électrophysiologie, circuits, etc...). Idéalement, l'enseignement devra couvrir la programmation (algorithmique, Python, LabView), le traitement du signal (1D, 2D et nD) et l'intelligence artificielle (apprentissage machine et apprentissage profond) pour le traitement des données multidimensionnelles et l'analyse prédictive. L'enseignement devrait couvrir l'étatde l'art dans ces domaines, ainsi que les approches récentes et leurs applications potentielles aux neurosciences, l'IA étant un domaine plein essor, prenant une place de plus en plus importante dans la recherche fondamentale.

1 Page du Conseil National des Universités (CNU) : https://conseil-national-des-universites.fr/cnu/#/

2 Descriptif des départements de recherche : https://www.u-bordeaux.fr/Recherche/Departements-de-recherche

3 Descriptif des structures de formation : https://www.u-bordeaux.fr/Formation/Composantes-de-formation

Détails de l'offre

Titre
Intitulé du profil recherche : Intelligence artificielle pour les neurosciences
Localisation
351 cours de la Libération Talence, France
Publié
2022-01-10
Date limite d'inscription
2022-02-24
Domaine
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